Além de prestar apoio a programas como o CNPq, a Capes, e às bolsas de iniciação científica e de pós-graduação, as Fundações de Amparo também financiam a execução de eventos de cunho científico e acadêmico.

As FAPs possuem programas independentes de incentivo à inovação nas empresas de acordo com as características de cada estado, como, por exemplo, o PIPE, o PITE, o CONSITEC, da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp).

O apoio às atividades em P&D vem sendo realizado por várias fundações estaduais além da FAPESP. Cada uma dessas entidades oferece linhas próprias de fomento à inovação, que são apresentadas na forma de financiamentos e subvenções diversas. Acesse o site da Confap para visualizar um mapa de todas as Fundações de Amparo à Pesquisa no Brasil.